Alla scoperta della città celata alla luce del sole: catacombe, luoghi di culto pagano (mitrei), e sotterranei, ambulacri, abitazioni e intere ville, alcuni dei quali non aperti regolarmente al pubblico.
Alcuni di questi luoghi furono volutamente costruiti nel sottosuolo ma la maggioranza dei siti sotterranei divenne tale in seguito al decadimento architettonico della città e al fiorire di nuovi edifici sopra quelli oramai abbandonati.
Le catacombe sono antichi cimiteri sotterranei scavati nel tufo situati al di fuori delle mura della città. A Roma si contano molteplici catacombe usate sia dalla comunità ebraica che da quella cristiana. Le catacombe cristiane alla fine delle persecuzioni divennero veri e propri santuari, i pellegrini si recavano alle catacombe per venerare le reliquie dei martiri.
Sotto la chiesa medievale di San Clemente, si trovano i resti della primitiva basilica del IV secolo, di una domus del III secolo, di una insula in parte adibita a mitreo, nonché un corso d’acqua che originariamente alimentava il laghetto di Nerone nella valle del Colosseo.
Nel quartiere Trastevere, sotto la basilica di Santa Cecilia, un labirinto di stanze e corridoi al livello più antico ci mostra un'abitazione di età repubblicana modificata nel tempo e trasformata in un bottega di un artigiano, caratterizzato dalla presenza di sette vasche cilindriche in mattoni, probabilmente una corsara, ovvero una conceria di pelli.
Gli scavi sotto la chiesa di Santi Giovanni e Paolo, venti ambienti dipinti appartenenti ad almeno cinque edifici diversi datati tra il I e il IV secolo, costituiscono uno dei complessi di edifici residenziali di età romana meglio conservati giunti fino alla nostra epoca ed uno dei migliori esempi di domus ecclesiae. Sono ancora visibili gli affreschi originari con soggetti cristiani e profani.